(1)施工期 工程施工期的直接影响是占用土地、破坏植被，造成水土流失;施工现场噪声、扬尘及废物的污染;对原有自然景观或有价值的历史遗迹的破坏;人类干扰和栖息地丧失造成野生动物物种减少或丧失;施工队伍进驻造成的污染和对水库水坝地区动植物的干扰与破坏等。 (2)运行期 淹没土地，丧失农、林、牧和湿地资源;有历史、文化、美学价值的文物资源的破坏;野生动物、植物物种迁移或丧失;淹没土地上残存有机物在水库蓄水时会成为营养使水库鱼类和其他植物大量繁殖，使水中溶解氧浓度降低，水质恶化;为水坝建设进行的河道加宽或改造，会改变原来的水文状况，形成塌岸或塌堤灾害;泥沙在水库前沉积，造成回水现象和上游地区的泛滥;影响鱼类产卵环境和洄游通道。 (3)防洪构筑物 为防洪而建设的构筑物破坏了洪水的天然模式，会使原来洪水泛滥的平原土地退化，土壤肥力下降;使野生动物生存环境改变而数量下降;大规模的水利工程也会有水体流失问题。 (4)水库移民影响 水利工程项目带来的社会问题是大量移民。大量移民造成新移居地土地、用水等压力。与水传播有关的病原孳生，导致传染病流行。 (5)功能协调问题 许多水库有多种功能，有些功能可能相互矛盾。如供水与养殖、旅游等功能矛盾;上游污染与下游引水的矛盾。