土地登记代理机构有以下义务： 1.依照法律、法规和政策开展经营活动; 2.认真履行土地登记代理合同，督促土地登记代理人认真开展代理业务; 3.维护委托人的合法权益，按照约定为委托人保守商业秘密; 4.承担因代理不当造成的委托人的损失赔偿; 5.严格按照规定标准收费; 6.接受主管部门的监督和检查; 7.依法缴纳各项税收和行政管理费; 8.法律、法规和规章规定的其他义务。