注册会计师的审计目标是判定被审计单位被审期内的财务报表是否公允地反映了其财务状况和经营业绩,被审单位所采用的会计政策和会计处理方法是否符合公认会计准则。20世纪30年代,世界经济危机的爆发和大批企业的破产倒闭, 过去对资产负债表的静态审计,已不能满足广大投资者对企业全面了解的需要,因此有必要对企业全部财务报表进行动态审计, 而且要以显示盈利能力的损益表作为报表审计的中心。第二次世界大战以后,随着现代经济和科学技术的迅速发展,审计也突破了财务会计的范畴,涉及到了管理领域,管理审计(包括经营审计、效益审计、效果审计) 也由此诞生,审计目标也因此增加了经济性、效率性和效果性的内容。
尽管注册会计师的审计目标在不断变化,但其基本职责仍然是执行财务报表审计,而其他性质的审计业务也只是在财务报表 审计的基础上延伸和发展。